Если счёт-фактура выставлен неправомерно, НДС к вычету по нему всё же можно принять
Минфин
При этом покупатель может принять сумму предъявленного НДС к вычету, поскольку это не нанесёт урона бюджету.
Данная позиция согласуется с мнением Налоговой службы и КС РФ.
Ранее Минфин напомнил, что оба экземпляра счёта-фактуры должны оформляться одинаково. То есть, если покупателю выставлен бумажный документ, оформить для себя его же, но в электронном виде продавец не вправе.