Если в организации не ведется раздельный учет НДС, в Счетах-фактурах должны стоять галочки «Отразить вычет НДС в книге покупок датой получения». Если не стоит эта галочка, то Счета-фактуры попадут в Книгу покупок из документа «Формирование записей книги покупок» (Операции - Регламентные операции НДС), который нужно заполнить.
В документах поступления не должна стоять галка «НДС включен в стоимость».
