Если при отгрузке не выставили счёт-фактуру, а количество товара по накладной и фактическое расходятся, корректировочный счёт-фактуру оформлять не нужно.
Финансисты
Когда стоимость товара меняется из-за корректировки его количества или цены, продавец должен оформить корректировочный счёт-фактуру в течение 5 дней с отгрузки товара, включая сам день отгрузки.
Если на момент отгрузки продавец не выставил счёт-фактуру, он может составить первичный счёт-фактуру сразу с правильным количеством товара.
Если же проводится возврат товара, то корректировочный счёт-фактуру придётся составить вне зависимости от причин этого возврата.