Для того чтобы оприходовать товары на два склада по одной накладной необходимо сделать соответствующую настройку:
Перейти в раздел « НСИ и Администрирование» подраздел «Настройка НСИ и разделов» пункт «Закупки» - «Документы закупок», проставить галочку «Поступление товаров на несколько складов»
После в разделе «НСИ и Администрирование» в подразделе «НСИ» в справочнике «Склады и магазины» создать группу складов , внутри которой будут 2 склада.
Дале в самом справочнике дважды на них кликаем выбираем «Изменить» - «Выбор этой группы» - «Разрешить в заказах и накладных». Если недоступно то в этом же поле нажимаем «Еще» - «Разрешить редактирование реквизитов».
После соответствующих настроек в документе поступления во вкладке «Основное»в поле«Склад» выбираем данную группу. Во вкладке «Товары» указываем товар и получателя (определенный склад). Так по одной накладной можно сделать поступление по нескольким складам.