Если за вычетом на жильё сотрудник обратился в течение года, компания должна вернуть ему удержанный НДФЛ.
Минфин
Такое разъяснение коснулось ситуации, когда работник приобрёл жильё, а за предоставлением вычета обратился не с начала года. Таким образом получилось, что НДФЛ переплатили.
Ранее ВС РФ разъяснял, каким образом можно вернуть излишне уплаченный НДФЛ.