Вам необязательно заключать с контрагентом соглашение об электронном документообороте, если вы и он подписываете свою первичку квалифицированной электронной подписью. Согласно Закону об электронной подписи подобная документация считается равнозначной тем документам, которые были подписаны собственноручно (за исключением ситуаций, когда документ возможен только в бумажном виде).
А вот если ваши первичные документы подписываются простой или усиленной неквалифицированной электронной подписью, то вышеупомянутое соглашение вам необходимо заключить.
Что касается электронных счетов-фактур, то по ним вы не обязаны заключать соглашение об электронном документообороте. При этом все равно нужно каким-то образом зафиксировать факт согласия вашего контрагента на их получение. К примеру, можно сделать соответствующую оговорку в договоре.
Более полно ваш вопрос рассмотрен в Готовом решении.
